Národný kontrolný úřad (NKÚ) viní Výskumnú agentúru (VA) z porušování principů transparentnosti a objektivity při řízení evropských fondů. NKÚ kontroloval výzvy v programovém období 2014 – 2020, kdy VA rozhodovala o poskytnutí nenávratného finančního příspěvku, a zjistil více nedostatků.