Asociácia súkromných lekárov (ASL) i Slovenská lekárska komora (SLK) stále kritizují státní projekt eZdravie. Stěžují si hlavně na výpadky systému a různé technické problémy, které způsobují, že i průměrně technicky zdatní lékaři potřebují k výkonu své práce pomoc informatika. Používání eZdravia je tak pro uživatele finančně poměrně náročné. Resort zdravotnictví připouští „možná náročnější zavádění systému.“